TOM PIERWSZY
Rodział Pierwszy: Dwaj Alchemicy
First Chapter: The Two Alchemists
W pierwszym rozdziale poznajemy tylko przejaw historii braci. Dalsza akcja przenosi o dość spory kawałek czasu do pustynnego miasta Lior. Tam Elricowie poznają tajemniczą religię boga Leta, którego posłańcem jest niejaki Wielebny Cornello. Stosuje on "magię cudów", która po niedługim czasie okazuje się alchemią używaną przy pomocy Kamienia Filozoficznego. Edward i Alphonse starają się dociec prawdy i za wszelką cenę zdobyć Kamień. Dochodzi w końcu do walki.
Rozdział Drugi: Wartość Życia
Second Chapter: The Price Of Life
Rozdział rozpoczyna się kolejnym urywkiem wspomnienia z dzieciństwa braci. Mówi ono o odkryciu teorii alchemicznej, która może przywrócić ich matkę do życia. Potyczka między Edem, a chimerą stworzoną przez Cornella kończy się wygraną alchemika. Starszy brat szykuje podstęp, za pomocą którego zwróci wyznawców religii Cornella przeciwko niemu. Podczas kolejnej potyczki między Edem, a posłańcem Leta okazuje się że Kamień Filozoficzny jest fałszywy. Wierni w końcu się buntują i powstają zamieszki w Lior. Alchemicy opuszczają pustynne miasto i udają się do Youswell.
Rozdział Trzeci: Górnicza Osada
Third Chapter: The Mining Town
Bracia Elric docierają do miasta górniczego zwanego Youswell, poznają tam ludzi nękanych przez wyższe władze. Następnie Edward i Alphonse poznają Yokiego podczas ataku na bar Hallinga. Zarządca miasta zaprasza alchemików do swojej siedziby i tam stara się przekupić Stalowego Alchemika. Po spaleniu przez ludzi Yokiego baru wcześniej odwiedzonego przez braci, Ed knuje kolejny podstęp. Tym razem zamienia kamienie w złoto i kupuje od Yokiego akt własności kopalni na ustalonych wcześniej zasadach. Starszy Elric podstępnie zmienia jednak złoto spowrotem w kamienie zaraz po "sprzedaniu" aktu Hallingowi. Mieszkańcy miasta do późnego wieczora jeszcze świętują odzyskanie kopalni, następnego dnia bracia znów udają się w podróż.
Rozdział Czwarty: Potyczka W Pociągu
Fourth Chapter: Battle On The Train
W czwartym rozdziale generał Halcrow spokojnie wyjeżdża na urlop z rodziną, zbieżność losu sprawia, że tym samym pociągiem podróżują bracia Elric. Nagle cały pociąg zostaje porwany przez bandę zbirów pod przewodnictwem Balda - człowieka z automatyczną zbroją w formie broni palnej. Alchemicy powoli przejmują kolejne wagony i pokonują bandę. Przy końcu podróży okazuje się iż na stacji już na nich czeka pułkownik Roy Mustang wraz z obstawą przejmując pojmanego kryminalistę.
TOM DRUGI
Rozdział Piąty: Cierpienia Alchemika
Chapter Fifth: The Alchemist's Suffering
Rozdział Szósty: Prawe Ramię Zagłady
Chapter Sixth: The Right Hand of Destriction
Rozdział rozpoczyna się koszmarem Edwara, nagle chłopak budzi się. Dalsza akcja toczy się już za dnia. Bracia dowiadują się, że Shou i jego córka zostali zamordowani. Pojawia się wątek homunculusów, które mieszają w Lior. We wschodnim sztabie nastrój zaczyna być coraz to bardziej niespokojny - Scar poluje na Państwowych Alchemików. Po Edwarda i jego brata został posłany jeden z wojskowych. Na ulicy zaczepia Eda, niestety w okolicy był Scar i zabił go na oczach Elriców. Następnie próbuje zabić Eda, lecz bracia zaczynają uciekać. W końcu jednak Ishvarczyk dopada Elriców, udaje jednak mu się zniszczyć automatyczna zbroję Eda i uszkodzić poważnie Alphonsa. Na szczęście znak wiążący jego dusze z zbroją pozostał nienaruszony.
Rozdział Siódmy: Po Deszczu
Chapter Seventh: After The Rain
W ostatecznej chwili pojawia się pułkownik Mustang i jego podwładni, lecz Scar zdołał uciec. Alphonse wścieka się na starszego brata. Chciał żeby Ed uciekł kiedy miał na to okazję. W końcu jednak bracia trafiają bezpiecznie do sztabu gdzie toczą się długie rozmowy na temat Scara i po drodze przytoczyło się kilka nie miłych słów na temat Stalowego Alchemika. Roy postanawia przydzielić braciom ochronę. Następnie Elricowie planują udać się do Resemboll, aby Ed mógł odzyskać ramię. Elricowie wraz z przydzieloną ochroną w postaci majora Armstronga udają się do rodzinnej wioski.
Rozdział Ósmy: Droga Nadziei
Chapter Eight: The Road Of Hope
Na jednej ze stacji Silnoręki Alchemik rozpoznał doktora Marcoha. Ed postanawia wysiąść z pociągu i odnaleźć tajemniczego doktora, który może posiadać wiadomości potrzebne alchemikowi. Marcoh w obawie o własne życie niezbyt mile wita gości w swoim domu. Jednak udaje się im porozmawiać z doktorem, który jednak nie chce wyjawić tajemnicy kamienia, lecz jednak pokazuje im niekompletny artefakt. Goście doktora w końcu z pustymi rękami opuszczają jego dom i udają się na peron. Tam jednak pojawia się Marcoh i przekazuje Edwardowi kopertę z wiadomością, że ma się kierować do centralnej biblioteki. Dalej sytuacja rozgrywa się dość dramatycznie; Marcoh po powrocie do domu zastaje tam jednego z homunculusów - Lust, która siłą i szantażem wyciąga z doktora informacje.
TOM TRZECI
Rozdział Dziewiąty: Dom, W Którym Czeka Rodzina
Chapter Nineth: A Home With A Family Waiting
Rozdział Dziesiąty: Kamień Filozoficzny
Chapter Tenth: The Philosopher's Stone
W dziesiątym rozdziale bracia docierają do centrali. Zastępcami majora są Maria Ross i Denny Brosh. Edward wraz z bratem udaje się do miejsca gdzie się znajduje, a przynajmniej ma znajdować się biblioteka. Niestety została ona spalona; jednak poszukując wiadomości o książce Tima Marcoha napotyka się na pewną dziewczynę, która zapamiętała wszystkie dane w książce. Była to Shesca pracowała w niedawno zniszczonej bibliotece i poczytywała jej archiwa. Okazuje się jednak, że to nie tylko armia poszukuje tajemniczego Isvarczyka; polują również na niego Lust i Gluttony. W dalszym rozwoju akcji homunculusy atakują Scara. Tym czasem Shesce udaje się odtworzyć książkę doktora Marcoha, która okazuje się być książką kucharską. Edward jednak szczęśliwie dziękuje dziewczynie i przekazuje jej dość sporą sumę. Okazuje się, że dane o Kamieniu są zaszyfrowane. Jednak po długim łamaniu szyfru bracia dowiadują się że głównym składnikiem Kamienia są żywi ludzie.
Rozdział Jedenasty: Dwaj Ochroniarze
Chapter Eleventh: The Two Guardians
Edward zaczyna się zastanawiać skąd armia, która kiedyś prowadziła badania nad Kamieniem mogło wziąć tak wiele ludzi. Tymczasem wojskowi odnajdują miejsce doszczętnie zniszczone podczas ataku na Scara przeprowadzonym przez homunculusy. Odnajdują zakrwawioną kurtkę Ishvarczyka, ale jego nie odnaleziono - to dowodzi jednemu, wciąż żyje i wciąż poluje na Państwowych Alchemików. Gdy bracia Elric w pokoju wojskowym rozmawiają o odkrytym niedawno spisku wpada tam nagle major Armstrong. Po jego przybyciu rozpoczynają się spekulacje na temat tworzenia przez armię kamienia. Ed odnajduje nieczynne już piąte laboratorium, które położone jest zaraz obok więzienia, stąd brali by się ludzie potrzebni na produkcję kamienia. Bracia mimo wcześniejszego zakazu majora udają się do ów laboratorium, które jest dobrze strzeżone jak na opuszczone. Tam spotykają "ochroniarzy", którzy są tak samo zaklęci w zbrojach jak Alphonse. Edward wchodzi do laboratorium, tam i na zewnątrz rozpoczyna się walka.
Rozdział Dwunasty: Definicja Człowieka
Chapter Twelweth: The Definition of Human
Potyczka w laboratorium trwa, niestety ramię Eda zaczyna jednak szwankować. Gdy alchemikowi wydaje się, że pokonał przeciwnika okazuje się, że w jednej zbroi były zaklęte dwie dusze. W tym czasie Alphonse walczy z Barrym. Skazaniec próbuje mu wmówić iż jego wspomnienia są tylko zapisanymi danymi i że Ed go cały czas oszukuje. W laboratorium Ed jednak dość ciężko ranny zdobywa zwycięstwo nad ochroniarzem. Kiedy miał już dowiedzieć się wszystkiego o Kamieniu pojawiły się homunculusy, Envy i Lust.
Bracia Elric docierają szczęśliwie do Resemboll i zatrzymują się w domu Pinako. Ponieważ Winry musi od początku zrobić zbroję Eda ma on całe trzy dni. Tutaj znów pojawia się część przeszłości; Pinako opowiada jak Alphonse przyniósł Eda rannego, a później jak chłopak postanowił zostać Państwowym Alchemikiem. Edward udaje się na grób matki wykorzystując wolny czas. Winry świetnie się spisując naprawia zbroję chłopaka, a on od razu postanawia wypróbować protezy i ćwiczy z młodszym bratem. Do treningu dołącza się również Major. Następnego dnia bracia opuszczają rodzinna wioskę i udają się do Centralnego Miasta.
Roy na prośbę Eda opowiada braciom o Alchemiku Zszywającym Życia. Nie długo po tym Elricowie poznają tego naukowca - Shou Tuckera. Poznają również jego córę Ninę i ich psa Alexandra. Bracia przeglądają laboratorium i bibliotekę gościnnego Tuckera, który niedługo ma znów przedłużać licencję Państwowego Alchemika. Shou jest gotowy do poświęceń, aby za wszelką cenę zdobyć dotacje na badania, stworzył więc chimerę mówiącą ludzkim głosem używając Niny i Alexandra. Ed zadając dwa pytania Alchemikowi Zszywającego Życia zorientował się co zrobił mężczyzna. Kolejnego dnia Shou ma być poddany osądowi, lecz wcześniej jego i stworzoną przez niego chimerę zabija tajemniczy Scar.
