Episode 2: ''Body of Taboo''
Wielebny, widząc automatyczną zbroję Eda rozpoznaje skutek próby przywrócenia kogoś do życia i utwierdza w oczach Rose obraz braci jako grzeszników. Niespodziewanie kamieniem filozoficznym tworzy działo i zaczyna ostrzał braci, a przez frontowe drzwi przedostają się się ludzie wielebnego, uzbrojeni po zęby. Bracia za pomocą alchemii wydostają się z opresji cało i uciekają do centrum miasta. Po tym wydarzeniu wielebny zaprowadza Rose do pomieszczenia, w którym przywołał duszę Kaina,  zmarłego chłopaka Rose. Duszę jednak widać tylko zza zasłony, a kapłan zakazuje się do niej zbliżać, ponieważ jak tłumaczy, ciało będzie gotowe dopiero za kilka dni. Tymczasem zapada noc, a miasto jest zelektryzowane wiadomością o rzekomym zamachu na najwyższego kapłana przez dwójkę alchemików. Mieszczanie rozpoznają braci i zapędzają ich w kozi róg. Niespodziewanie pojawiają się posągi ożywione przez ''cuda'', Ed zostaje ogłuszony i schwytany. Wielebny zabiera mu srebrny zegarek Państwowego Alchemika i zamyka go w areszcie. W tym samym czasie Rose postanawia odwiedzić po raz kolejny swojego chłopaka, jednak okazuje się, że kapłan stworzył jedynie chimerę mówiącą głosem Kaina i pozostawia dziewczynę na pewną śmierć. Z opresji ratują ją Al, który postępując według sekretnego planu kradnie dzwon świątynny. Natomiast najwyższy kapłan przychodzi do celi Eda, aby go zlikwidować. Ed prowokuje go do wypowiedzenia na głos jego prawdziwych zamiarów. Po chwili zauważa, że od dłuższego czasu starszy Elric jest odkuty z łańcuchów, a na ziemi leży włączony mikrofon, przez który wielebny prowadził codzienne audycję. Al za pomocą alchemii łączy dzown z mikrofonem i używa jako wzmacniacza, przez co wszyscy mieszczanie dowiadują się o prawdziwych zamiarach kapłana. Oburzony lud gromadzi się pod świątynią, ale wielebny wychodzi na plac i uspokaja wszystkich, mówiąc że to wojskowe psy za pomocą alchemii zaczęli używać jego głosu, po czym prezentując po raz kolejny moc swoich ''cudów'' ożywia posągi. Kamień Filozoficzny nagle rozpada się okazuje się, że była to fałszywka, niedokończony Kamień.Wściekły Ed ożywa największy posąg i używa go przeciw wielebnemu. Wielebny ucieka w głąb świątyni, gdzie oczekują go dwie tajemnicze osoby, czarnowłosa kobieta i łysy, otyły mężczyzna. Kapłan zaczyna na nich wrzeszczeć, oskarżając ich o to, że dali mu fałszywy kamień. Niestety, jest to koniec wielebnego, okazuje się on już według nich niepotrzebny. Wkrótce ludzie burzą świątynię, w poszukiwaniu oszusta. Niespodziewanie pojawia się właśnie kapłan - ale tym razem prawdziwy. Podnosząc ręcę budzi do życia zmarłe ptaki, a ludność zaczyna wierzyć, że dopiero teraz przybył prawdziwy wielebny. Nikt nie zauważa, że ptaki, wysoko w powietrzu znikają... Tymczasem Ed i Al postanawiają opuścić Lior. Rose zatrzymuje ich, wmawiając im, że to oni przyczynili się do upadku boga, w którego wierzyła. Ed mówi jej, że najlepiej będzie, jeśli postara się podnieść i iść dalej przed siebie. Pod koniec odcinka pojawia się kolejne wspomnienie braci, dotyczące ich matki.

  

Episode 3: Mom
Bracia, po wydarzeniach w Lior przeglądają pewną bibliotekę. Al odnajduje książkę, która w przeszłości była jedną z pierwszych, z których się uczyli. Wracają do nich wspomnienia... Ed – 6 lat, Al – 5 lat. Maluchy podejmują próbę transmutacji – tworzą lalkę do Winry... Dziewczyna dostaje jednak pietra i zaczyna płakać. Niedługo później bracia siedzą smutni pod jej domem, czekając na matkę która została wezwana przez Pinako. Niespodziewanie mama, zamiast wlepić im kary, jest z nich dumna. Po powrocie do domu pozwala chłopcom na korzystanie ze zbiorów ich ojca. Ed i Al są szczęśliwi i pełni entuzjazmu jak nigdy. 2 lata później, bracia o wiele mądrzejsi i wiedzący więcej o alchemii prezentują mamie swoją nową transmutację. Dumni i zadowoleni, gdy ta ich po raz kolejny chwali, postanawiają odwiedzić Winry. Przed spotkaniem dochodzi między nimi do rozmowy na temat ojca. Po przybyciu do Winry zastaje ich przykra wiadomość – okazuje się, że jej rodzice zginęli na wojnie. Ed próbuję pocieszyć dziewczynę i mówi o transmutacji ludzkiego ciała, jednak po chwili zostaje wyrzucony z domu państwa Rockbell wraz z Alem. Chłopcy z płaczem wracają do matki i opowiadają jej, co się stało. Mijają kolejne 2 sielankowe lata – Ed ma 10 wiosen na karku, a Al 9. Bracia wracają do domu po załatwieniu sprawunków, jednak w drzwiach przeżywają szok – mama jest nieprzytomna! Chłopcy informują o wszystkim Pinako Rockbell, przybywa także doktor. Okazuje się, że mama cierpi przez tęsknotę za swoim mężem. Młodzi alchemicy postanawiają powysyłać listy do znajomych ich ojca w nadziei, że któryś będzie wiedział, gdzie obecnie jest Hochenheim. Wkrótce Tricia niestety umiera. Na pogrzebie mamy Ed podejmuje decyzje o przywróceniu jej do życia. Bracia znajdują sobie nauczyciela, uczą się o alchemii jeszcze więcej i mądrzejsi wracają do Rizenbull. Tam pewnej nocy rozpoczynają transmutację. ‘’Coś’’ idzie jednak źle, a Ed traci lewą nogęNatomiast Al całe ciało. Dodatkowo okazuje się, że przyzwali zamiast mamy coś demonicznego, jakby wprost z piekła... Ed za cenę prawej ręki łączy duszę Ala ze zbroją stojącą w pomieszczeniu i traci przytomność. Po przybyciu do Pinako i rozpaczliwej prośbie o pomoc okazuje się, że w wiosce jest również ważny wojskowy – Roy Mustang. Mówi, że jeżeli Ed przeżyje po tym, co zrobił to może być świetnym wojskowym alchemikiem. Następnego dnia starszy z braci podejmuje decyzję – zostanie państwowym alchemikiem, aby znaleźć sposób na przwrócenie Al'owi starego ciała. Prosi także Pinako o protezy. Niedługo później, podczas treningu z młodszym braciszkiem mówi mu o swoim postanowieniu. Okazuje się, że Al także ma zamiar znaleźć sposób na odzyskanie starego ciała Eda. Bracia postanawiają spotkać się z Mustangiem. Tak właśnie zaczyna się ich ścieżka – ścieżka, która będzie kręta i usłana cierniami.